Als jongste zoon van Ruierd Buttes Nauta en Debora Ysabella Reneman gaat Botto in 1765 volgens het Album Studiosorum Franekerensis studeren aan de Universiteit van Franeker. Na zijn belijdenis in 1768 te Franeker vertrekt hij in 1770 naar Groningen. Twee jaar later in 1772 komt hij terug naar Friesland en vestigt zich als predikant op het platteland in het buurtschap Lippenhuizen en is tevens predikant in Steenwijk. In 1774 trouwt hij met Agneta Wilhelmina de Ruyter en samen krijgen ze twee zoons.
1775: Ruardus Nauta
1778: Stephanus Sybrandus Nauta
De Ned. Hervormde kerk in Lippenhuizen is iets ouder dan hijzelf en dateert van 1743. Hij blijft de rest van zijn leven in Lippenhuizen wonen en is daar naast predikant ook leraar. In het overlijdensbericht in het kerknieuws van Lippenhuizen in 1786 wordt vermeld:
… in zalige rust te doen ingaan, onzen waardigen en geliefden Leeraar, den Wel. Eeerw. zeer gel. Heere Botto Nauta, in den nog zo jeugdigen ouderdom van 39 jaren, 3 maanden en 11 dagen, na eenige weeken gesukkeld te hebben aan eene uitterende ziekte.
Zyn Eerw. laat na eene bedroegfde Weduwe en twee minderjaarige Kinderen, welke met de Gemeente, waaronder hy byna 14 jaren met getrouwhied het Euangelie verkondigde, dit verlies met regt te betreuren.
Het ontzielde Lyk is alhier den 29 dezer plegtig ter aarde besteld,…
Zijn graf is niet gevonden in of rond de kerk.
Blijkbaar zijn er nog oude familiegronden of woningen op de Camstraburen in Leeuwarden, want na zijn dood verkoopt zijn vrouw Agneta deze in 1795.
