Tot in het begin van de 19e eeuw komt het gebruik van dubbele namen voor bij welgestelde vooraanstaande families. Hierbij werd de achternaam van de moeder of grootmoeder meegenomen of overgenomen in de mannelijke lijn. Dit gebeurde niet consequent, maar lijkt redelijk willekeurig en afhankelijk van de status van de familienaam te zijn gebeurd. Na de invoering van de Burgerlijke Stand rond 1810 werd het willekeurig wijzigen van achternamen lastig en kon dit alleen nog maar via Koninklijk Besluit plaatsvinden.
Bij de Nauta’s komt dit in een beperkt aantal takken voor, waarvan de de meesten afstammelingen zijn van Gijsbertus Bavius Nauta als eerste hieronder genoemd. De dubbele namen zijn op zich niet gekoppeld aan enige vorm van adel, maar verkeren in een aantal gevallen wel in dezelfde kringen en worden genoemd in het Nederlands Patriciaat. Vaak is het Hof van Friesland de verbinding tussen families met bestuurlijke functies op hoog niveau en worden bestuurlijke functies zowel aan het hof, als binnen een grietenij of stad, van vader op zoon doorgegeven.

Nauta Beuckens: ontstaan rond 1720 in Sloten
Gijsbertus Bavius Nauta (Burgemeester van Leeuwarden, doctor, advocaat aan het Hof van Friesland en Landsfiscaal) en getrouwd met Geertruyd Beuckens. Gijsbertus en Geertruyd komen uit aanzienlijke en vermogende families. De vader van Gijsbertus, Bavius Nicolaas Nauta was o.a secretaris van Dantumadeel, als notaris betrokken bij de verkoop van Ameland aan de Koninklijke familie Van Nassau in 1704 en behoorde in 1701 met een omvangrijke vastgoedbezit tot de hoogst aangeslagenen van Friesland en getrouwd met Rixtie Metz. Zij was de zus van Gerbrandus Metz die namens de familie Van Schwartzenberg hun belangen vertegenwoordigde bij de verkoop van Ameland.
Hun zoon Paulus Rombartus Nauta Beuckens (koopman te Amsterdam) neemt de naam van zijn moeder mee. Hij trouwt in 1763 met Hester Josina Otto’s Swalue en krijgt 1 zoon uit dit huwelijk, die echter binnen een half jaar na geboorte overlijdt, waarmee de naam Nauta Beuckens uitsterft.

Rinia van Nauta: ontstaan rond 1750 in Leeuwarden
Bavius Nauta (Vaandrig, Hopman, Kapitein en Majoor van militaire compagnie te Leeuwarden. Tevens advocaat aan het Hof van Friesland, burgemeester van Dokkum en gecommitteerde aan de Admiraliteit in Friesland) trouwt in 1749 met Tjitske Rinia.
Bavius Nauta is de zoon van de hierboven genoemde Gijsbertus Bavius Nauta en Geertruyd Beuckens.
Tjitske Rinia is de dochter van Anthonius Rinia (Luitenant van een compagnie cavalerie in het regiment van de prins van Oranje Nassau en later Kapitein) en Titia Frisius. Tjitske geeft de namen Rinia en Frisius door bij een aantal van hun kinderen. Bavius Nauta en Tjitske Rinia krijgen 7 kinderen die verschillende achternamen gebruiken (Nauta / Rinia van Nauta / Frisius Nauta).
Hun zoon Franciscus Rinia van Nauta is degene die in 1777 de naam Rinia via zijn huwelijk met Constantia Assuerus Avenhorn in verschillende varianten doorgeeft aan hun 15 kinderen.

  • Bavius Gijsbartus Rinia van Nauta (Ritmeester en rechter op Java, advocaat aan het Hof van Friesland en beloond met de medaille de St. Helena in de garde d’honneur van het leger van Napoleon bij de slag van Waterloo) trouw met Johanna Maurits Lange en krijgen een zoon met de naam Franciscus Maurits Frisius Rinia van Nauta
  • Gerardus Assuerus Avenhorn Rinia van Nauta (Advocaat aan het Hof van Friesland, notaris en secretaris van Rauwerderhem) trouwt in 1819 met Fock Wiggerts en geeft de namen Van Nauta, Rinia van Nauta en Avenhorn van Nauta aan hun kinderen. Naast hun dochter krijgen hun twee zoons ook de achternaam van hun moeder mee in de achternaam Wiggerts Avenhorn van Nauta. Deze tak sterft uit waardoor de naam niet verder wordt doorgegeven.
  • Anthony Jacob Rinia van Nauta (secretaris van Dantumadeel, notaris en Advocaat aan het Hof van Friesland) trouwt in 1834 met Agatha Catharina Reneman. Hun enige zoon en dochter krijgen de achternaam: Rinia de Jongh van Persijn van Nauta. Deze naam wordt overgenomen van hun grootmoeder Catharina Frederica De Jong van Persijn die getrouwd was met Gerardus Assuerus Avenhorn (president schepen van Amsterdam) maar wordt niet verder doorgegeven omdat deze tak eindigt.
  • Cornelis Franciscus Frisius Rinia Nauta (Kantonrechter en advocaat aan het Hof van Friesland) trouwt in 1825 met Wilhelmina Hendrika van Heemstra. Hun zoon Cornelis krijgt de naam Scheltinga Rinia van Nauta mee, de overige kinderen alleen Rinia van Nauta.

Nauta Binksma: ontstaan rond 1785 in Harlingen
Albertus Binksma (Wolkammer en Pottenbakker te Harlingen, later belastingontvanger te Marrum) trouwt in 1786 met Sipkien Nauta.
Sipkien was de dochter van Michiel Sipkes Nauta en Grietje Bosscha. Michiel Sipkes Nauta was gortmaker, net als zijn vader, strandmeester, hopman en burgervaandrig te Harlingen. Hij kocht en verkocht veel onroerend goed in Harlingen. Zijn familiewapen hangt in het Hannemahuis te Harlingen.

Hun zoon Michiel Albertus Binksma trouwt in 1823 te Bolsward met Maria van Luttikhuizen. Dochter Sipkje krijgt de achternaam Nauta Binksma mee, maar zij overlijdt zeer jong.  Hun zoon Suffrides Nauta Binksma trouwt drie maal:
1e Huwelijk: 1829 met Trijntje Bouwes Zijlstra en geeft de naam door aan hun vier dochters, waarmee deze via dit huwelijk uitsterft.
2e Huwelijk: 1843 met Geertje Doekes Fopma duurt kort en blijft kinderloos
3e Huwelijk: 1849 met Pietertje Sybes Hiemstra resulteert in twee dochters en twee zoons met de achternaam Nauta Binksma. Voor zover op dit moment bekend geeft geen van deze kinderen de naam Nauta Binksma door en sterft de naam daarmee uit.

Nauta Oosterbaan: ontstaan rond 1790 in Harlingen
Claas Everts Oosterbaan trouwt in 1790 te Harlingen met Petronella Miechels Nauta. Petronella Miechiels Nauta was de dochter van Michiel Sipkes Nauta en Grietje Bosscha en de 4 jaar jongere zus van hierboven genoemde Sipkien.

Hun zoon Evert Klazes Oosterbaan (Mr. koekbakker te Franeker) trouwt in 1825 te Franeker met Tietje Taekles Andringa. De eerste twee kinderen krijgen de achternaam van hun oma mee: Nauta Oosterbaan.
Suffrides geeft alleen de naam Oosterbaan mee aan zijn kinderen en Petronella niet, waarmee deze naam ook uitsterft.

Star Nauta: ontstaan rond 1790 in Groningen
Jacob Harmen Nauta (rechter en raadsheer aan het Gerechtshof van Groningen) trouwt in 1789 te Groningen met Maria Cornelia Star Lichtenvoort. Na een eerder kinderloos huwelijk met Aleida Schimmelpenninck.
Zijn vader Hemmo Nauta was doctor in de rechten, kerkvoogd en lid van de gezworen gemeente in Groningen en Veendam en getrouwd met Hijleke Venema.
Hun eerste zoon Hemmo Heilico (advocaat rechtbank te Groningen en lid van het 3e regiment gardes d’Honneurs in het leger van napoleon) trouwt in 1818 met Anna Habina Alberda van Menkema en neemt zelf alleen de naam Nauta over, maar geeft de achternaam Star wel weer mee aan een van zijn 4 zonen:

  • Cornelis Star Nauta (luitenant ter zee) en in 1863 getrouwd met Christina Jacoba Wijckerveld Bisdom. Eventuele kinderen nog niet gevonden.
  • Zijn broer Gerhard Nauta (advocaat, burgemeester, secretaris en lid Provinciale Staten) trouwt in 1850 met Aaltje Muntinghe. Hun dochter Anna Wilhelmina Henriette Aleida Nauta trouwt in 1889 met Anthonie Johannes Carstens (kantonrechter). Hun zoon Cornelis krijgt de achternaam Star Nauta Carsten bij een Koninklijk besluit tot naamswijziging in 1892. Waarschijnlijk heeft hij nog een broer en een dochter met dezelfde achternaam. Hun tweede zoon neemt gedeeltelijk de achternaam van zijn moeder en grootvader Star (zonder Lichtenvoort) over, maar overlijdt binnen een jaar na zijn geboorte. 

Nauta Peters: ontstaan rond 1800 in Leeuwarden
Johann Viktor Christian Peters (Legerarts uit Leer in Duitsland) trouwt in 1800 te Leeuwarden met Geertruid Hester Nauta. Geertruid is een kleindochter van de bovengenoemde Gijsbertus Bavius Nauta en Geertruyd Beuckens.

Hun zoon Marius Nauta Peters (medisch doctor) trouwt met Catharina Helena Wichers en geeft de naam via hun enige zoon Johann Victor Christian Marius Nauta Peters (deurwaarder der directe belastingen) door aan hun enige zoon Marius Nauta Peters (koopman in sponzen en zeemleer te Amsterdam)

Nauta Andreae: ontstaan rond 1810 in Leeuwarden
Johannes Andreae (ontvanger der directe belastingen te Leeuwarden) trouwt in 1807 met Anna Clasina Nauta. Hij is een zoon van Gajus Andreae (medisch doctor te Harlingen) en Catharina Gratama.
Anna Clasina Nauta is de dochter van Into Hendriks Nauta (stadsrentmeester, ontvanger der landsflorenen, lid vroedschap te Leeuwarden en een van de hoogst aangeslagenen in Friesland) en Anna Clasina Koumans.
Hun enige zoon Into Nauta Andreae (koopman te Leeuwarden) trouwt tweemaal.
1e huwelijk met Anna Clasina Schreuder: geeft de naam Nauta Andreae door aan drie kinderen maar sterft later uit.
2e huwelijk met Maria Elisabeth Schreuder (zus van Anna Clasina 1e huwelijk) blijft kinderloos

Van Nauta Lemke: ontstaan rond 1825 in Rauwerd
Willem H.H. Schotanus a Sterringa Lemke (predikant in Friesland) trouwt in 1823 met Janneke Nauta.
Willem is de zoon van Hans Hendrik Schotanus a Sterringa Lemke (predikant te Boornbergum) en Cornelia Antonia Cloeck.
Janneke Nauta is de dochter van Willem Nauta en Johanna Schulz. Haar vader Willem Nauta was burgemeester van Franeker, Grietenijsecretaris van Rauwerderhem en Advocaat aan het Hof van Friesland. Haar grootvader Rudolf Nauta was eveneens advocaat aan het hof van Friesland en getrouwd met Janke Scheltema. Haar overgrootvader Willem Aukes Nauta was houtkoper, vroedsman en burgemeester van Franeker, eerst getrouwd met Jancke Douwe Sipta en daarna met Johanna Catharina Jelles Gerroltsma.

Willem Schotanus a Sterringa en Janke Nauta krijgen 7 kinderen, waarvan alleen het 2e kind Willem Van Nauta Lemke de achternaam van zijn moeder meekrijgt. Zijn oudere broer neemt de achternaam Schotanus a Sterringa over. Zijn overige broers en zussen nemen de achternaam Lemke over.
Willem Van Nauta Lemke was raadsheer en advocaat aan het Hof van Friesland, trouwde 2 maal. Alleen de kinderen uit het eerste huwelijk met Johanna Maria La Lau kregen de naam Van Nauta meekregen bij geboorte en hebben die ook weer aan hun kinderen doorgegeven.