Kerk LippenhuizenAls jongste zoon van Ruierd Buttes Nauta en Debora Ysabella Reneman gaat Botto in 1765 volgens het Album Studiosorum Franekerensis studeren aan de Universiteit van Franeker. Hij wordt genoemd in het Album Promotorum van de Universiteit. Na zijn belijdenis in 1768 te Franeker vertrekt hij in 1770 naar Groningen. Twee jaar later in 1772 komt hij terug naar Friesland en vestigt zich als predikant op het platteland in het buurtschap Lippenhuizen en is tevens predikant in Steenwijk. In 1774 trouwt hij met Agneta Wilhelmina de Ruyter en samen krijgen ze twee zoons.
1775: Ruardus Nauta
1778: Stephanus Sybrandus Nauta

De Ned. Hervormde kerk in Lippenhuizen is iets ouder dan hijzelf en dateert van 1743. Hij blijft de rest van zijn leven in Lippenhuizen wonen want hij sterft daar in 1786 op 40 jarige leeftijd. Zijn graf is niet gevonden in of rond de kerk.
Blijkbaar zijn er nog oude familiegronden of woningen op de Camstraburen in Leeuwarden, want na zijn dood verkoopt zijn vrouw Agneta deze in 1795.